ライトボックス使ったらiframeが透過しなくてブチギレそうな皆様、お疲れ様です。
早速方法についてお伝えしたいと思います。

iframeのsrcの最後に「?wmode=transparent」このパラメータぶち込んでやれば治ります。

こんな感じです。